Een gesprek met de vertrouwenspersoon is altijd vertrouwelijk, tenzij er sprake is van een ernstig misdrijf, waarbij een aangifteplicht geldt of een melding dusdanig ernstig is dat de vertrouwenspersoon in gewetensnood komt. In dat laatste geval maakt hij een eigen morele afweging.
Indien er sprake is van een ambtsmisdrijf of een ernstig misdrijf is de melder zelf verplicht dit te melden. De melder moet dan zijn eigen verantwoordelijkheid nemen. De vertrouwenspersoon kan de melder erop wijzen dat hij een wettelijke verplichting heeft om te melden.
De vertrouwenspersoon heeft de ruimte om zelf een eigen gewetensvolle afweging te maken of hij de vertrouwelijkheid doorbreekt. Hij probeert een keuze te maken die recht doet aan de rechten en belangen van hemzelf, de melder, andere belanghebbenden en de organisatie. De vertrouwenspersoon moet de gemaakte keuze achteraf kunnen verantwoorden.